甘南州中级人民法院设17个内设机构：
(一) 政治部
承办全州法院人员、机构编制管理、增编补员考试和“凡进必考”进人工作；协助州机构编制部门管理全州法院机构编制；协助政府有关部门做好法官任职资格考试和补充其他工作人员考试工作；负责州法院机关及社会团体的干部人事管理工作；负责本院干部的考察、任免、调配、工资、职务晋升及离退休工资；负责全州人民法院干警队伍思想政治工作和教育培训工作；负责全州法院系统先进集体和个人的记功、评模审批及向省高级人民法院的呈报工作，总结推广先进典型经验；负责全州法院法官等级评定和司法警察警衔的审核工作；办理基层人民法院法官职务按法律规定任免工作和州法院机关由人大常委会任免的审判法律职务人员的审核、任免呈报工作；协助地方党委管理下级法院领导班子。
（二）执行局
依法执行州中级人民法院生效判决、裁定、调解协议及省高级人民法院终审判决中关于财产的决定；执行法律规定由州中级人民法院执行的其它法律文书；全面负责执行案件实施工作的财产调查权、财产控制权；对不同案件进行繁简分流，提高执行工作质量和效率；确定执行任务并检查、监督完成情况；对当事人有异议的案件进行组织听证，做出裁定，对确有错误的仲裁裁决裁定不予执行，裁定以物抵债和确认拍卖、变卖成交结果等；统一管理全州法院案件的委托执行和提级执行，接受外省外州法院案件的执行委托；协调州内和外地法院之间执行案件争议；指导全州8个基层法院的执行工作。
（三）司法警察支队
组织、督导、协调辖区司法警察队伍的警务工作；配合有关案件的执行工作；负责枪支、弹药、警械具等装备的管理工作；负责警服、警官证、警衔专用标志等管理工作；负责警车、警灯、警报器等管理工作；负责警容风纪的管理工作；指导下级人民法院的司法警察业务工作；负责全州法院司法警察警衔的审报工作；负责下级法院司法警察部门领导任免职备案工作；负责司法警察专业技能培训工作；负责值庭工作；负责送达法律文书工作；负责执行传唤、拘传、提解、押送、看管被告人或罪犯；协助扣押、冻结财产等强制措施的执行；协助执行死刑；负责法官提审、接访现场秩序的维护和安全保卫工作；负责参与对生效判决、裁定的执行工作；负责全院机关的安全保卫工作；负责维稳有关工作；依法履行其他法警任务。
（四）办公室
规划制定和具体负责全州法院基础设施建设和物质装备建设；负责全州法院系统的武器、服装、车辆装备管理工作；负责全州法院系统通信技术和办公自动化管理；负责全州法院人民法庭和审判法庭建设，制定全州法院系统专项建设实施计划；负责专项经费的申报、划拨和使用监督；指导、监督全州法院诉讼费的收缴、使用、管理工作；负责州法院机关后勤接待事务、财务管理、基本建设、固定资产管理等工作；负责州法院机关院印、文电、机要、值班的管理、发送、安排工作；协助院领导组织、协调、处理司法公务；负责州法院综治维稳及外联、卫生等工作；负责院党组、院长办公会等重要会议的组织安排及决定事项的督办。
（五）立案庭
对州中级人民法院依法受理的各类案件登记立案；依法审理管辖争议案件；对不服下级人民法院生效的裁判提出的各类申诉以及再审申请进行审查，认为可能有错误，移交审判监督庭及有关审判庭审查处理；负责案件审判流程管理及申请执行的立案工作；负责处理本院案件信访接待工作；组织、指导、协调、督促相关部门办理并答复申诉和涉诉信访问题，对重点申诉和涉诉信访案件组织听证；处理司法救助申请事宜；监督、指导下级人民法院的告诉申诉和立案工作。
（六）刑事审判第一庭
审判法律规定由中级人民法院管辖的第一审刑事、经济犯罪案件；监督、指导下级人民法院的刑事审判工作；办理其他有关刑事审判工作事宜。
（七）刑事审判第二庭
审判法律规定由州中级人民法院管辖的第二审刑事、经济犯罪案件；审理应由中级人民法院管辖的减刑、假释案件；监督、指导下级人民法院的上述案件审判工作；办理其他有关刑事第二审工作事宜。
（八）民事审判第一庭
审判由中级人民法院管辖的第一审婚姻、家庭、继承、人身权利、房地产、劳动争议、损害赔偿及债权债务、人身权及相关合同纠纷等案件；办理其他有关民事第一审审判工作事宜。
（九）民事审判第二庭
审判由中级人民法院管辖的各类第二审民事案件；审判对基层人民法院一审案件作出的制裁决定不服申请复议的案件；监督、指导下级人民法院民事审判工作及人民法庭工作；办理其他有关第二审民事审判工作。
（十）民事审判第三庭
审判公司破产案件；审判著作权、商标权、专利权等知识产权案件；监督、指导下级人民法院民事审判工作及人民法庭工作；办理其他有关第二审民事审判工作。
（十一）行政审判庭
审判第一、二审行政案件；审判行政抗诉案件；审判不服下级人民法院生效裁判的行政再审案件；审查处理不服基层人民法院生效裁判的行政申诉、复查案件；审查行政机关申请强制执行案件；监督、指导下级人民法院行政案件审判工作。
办理赔偿委员会受理的国家赔偿案件；执行赔偿委员会决定事项；审查处理赔偿告诉、申诉案件。
（十二）审判监督庭
审判不服州中级人民法院和下级人民法院刑事、民事和生效裁判的再审、复查案件；审判州人民检察院抗诉的刑事、民事再审案件；对本院立案庭受理的当事人提出的刑事、民事申诉或再审申请进行审查；监督、指导全州人民法院审判监督工作。
（十三）审判管理办公室
对本院案件从立案、送达、开庭、裁定、结案到归档全程跟踪监控，确保案件审理程序合法、及时、不超审限；紧密协调各庭室与综合部门之间的工作环节，保证审判工作的高效运转；负责全州法院司法统计工作，掌控本院及辖区法院审判工作的总体状况；负责全州法院的执法检查和案件评查工作；负责错案的确认工作；对上诉率、发回重审改判率、申请再审率、裁判文书合格率、涉诉上访率、调解率等方面进行全面评估考核；办理审判委员会会务，负责审判委员会讨论案件和议题材料的接收、审查、登记、排期和会议记录；对审判委员会研究决定确定的有关事项进行督办；协助审判委员会总结审判经验，整理典型案例；办理院机关“庭审观摩”活动相关事宜；落实审判委员会交办的其他事项。
（十四）督察室
维护党章和其他党内法规，加强对党的路线、方针、政策、决议和国家法律法规以及中央、省委重大决策部署贯彻执行情况的监督检查；监督检查全州法院机关及其内设机构在执行法律、法规和上级人民法院的决定、规定和各项禁令中的问题；受理对全州法院机关人员违纪行为的控告、举报；按照干部管理权限查办法院工作人员的违纪案件，受理全州法院工作人员不服法院纪检处分的申诉。
（十五）研究室
研究审判工作中的政策问题和国家法律、法规在民族地区实施过程中出现的新情况、新问题，提出解决问题的办法和意见；总结审判工作经验，办理适用法律政策问题的请示；起草综合性文件、报告及院领导交办的各种重要文件和院长讲话稿等文稿；组织办理州人大代表、政协委员的联络工作，并督办州人大代表建议和政协委员提案；参与地方立法活动，组织汇总对相关法规草案的意见；负责本院图书资料、档案工作、普法工作；负责全州法院综合信息、调研、主办编发相关简报、刊物；负责人民法院史志等资料的搜集工作；策划、组织、协调全州法院系统重要活动、重大新闻事件的宣传报道；负责组织协调新闻发布会工作；负责开展本院机关的对外宣传，指导全州法院新闻宣传工作。
（十六）技术室
负责本院司法鉴定和委托评估工作；负责全州两级法院区域网、三级专网和国际互联网三大网络平台的建设、使用和维护；负责本院审判管理中心、执行指挥中心、诉讼服务中心、警务中心4个中心和审判管理、司法公开等32个管理平台的建设和使用；负责本院数字化法庭业务应用系统、审委会办公系统、远程视频接访系统、同声传译系统、证据展示系统、电子档案系统、LED显示屏系统、视频监控系统的安装、调配和维护；负责对本院“审判流程、执行信息、裁判文书”三大公开平台的升级建设；协调完善本院警务执勤、数字法庭、行政办公发文等业务性工作；负责本院内、外网日常维护工作。
（十七）翻译科（科级）
组织、提倡和督促本院双语审判人员学习掌握地区藏语言文字，做好审判工作中藏汉双语互译工作；负责当庭双语翻译工作；负责诉讼文书的双语翻译和送达。