玛曲县人民法院于1955年建院，1959年1月与碌曲县法院合并成立桃江县法院，1962年恢复玛曲县法院，“文革”中改为玛曲县革委会保卫部审判组，1973年恢复玛曲县人民法院。法院坐落于玛曲县尼玛镇萨日路9号，现有编制33人，实有人数50人。2018年内设机构改革后玛曲县人民法院现有5个内设机构，分别是：政治部（机关党委）、综合办公室（司法警察大队）、立案庭（诉讼服务中心）、综合审判庭、执行庭（局）和一个派出法庭，在上级法院和县委的大力支持和院党组的努力下，玛曲县人民法院各内设机构部门领导已全部配齐。
近几年来，随着经济社会发展和人民群众法治意识提升，案件数量逐年增加，与此同时案件种类、案件办理难易程度均有增加；相比于州内和省内外其他兄弟法院，案件数量相对较少，但是由于玛曲地广人稀的地理条件，在文书送达、查找案件当事人等过程中办案难度均比较大，随之办案成本也比较高。2022年至2024年共受理各类案件1549件，审执结1412件，结案率为91.15%，法定审限内结案率100%。
一直以来，玛曲人民法院始终坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想和习近平法治思想为指导，认真贯彻落实党的二十大和二十届二中、三中全会精神，忠实履行宪法和法律赋予的职责，在县委的坚强领导上级法院的精心指导下，始终坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想和习近平法治思想为指导，深入学习贯彻党的二十大和二十届二中、三中全会精神，坚持“公正与效率”工作主题，坚决扛牢防风险、保安全、护稳定、促发展的政治责任，忠实履行宪法和法律赋予的职责，各项工作取得了新成效。
三年来，玛曲县人民法院及相关庭室先后被评为“全省第九批民族团结进步示范机关”“全省法院行装财物管理工作先进集体”“全省法院马锡五审判方式先进集体”“甘南州模范职工之家”“甘南州巾帼文明岗”“全州法院先进集体”等先进集体称号。